• facebook
  • linkedin
  • Youtube

Kemunculan SARS-CoV-2 B.1.1.7 Keturunan

Amerika Syarikat, 29 Disember 202012 Januari 2021

Summer E. Galloway, PhD 1 ;Prabasaj Paul, PhD 1 ;Duncan R. MacCannell, PhD 2 ;Michael A. Johansson, PhD 1 ;

John T. Brooks, MD 1 ;Adam MacNeil, PhD 1 ;Rachel B. Slayton, PhD 1 ;Suxiang Tong, PhD 1 ;Benjamin J. Silk, PhD 1;Gregory L. Armstrong, MD 2 ;

Matthew Biggerstaff, ScD 1 ;Vivien G. Dugan, PhD

Pada 15 Januari 2021, laporan ini telah disiarkan sebagai MMWRKeluaran Awal di laman web MMWR (https://www.cdc.gov/mmwr).

Pada 14 Disember 2020, United Kingdom melaporkanvarian SARS-CoV-2 kebimbangan (VOC), keturunan B.1.1.7,juga dirujuk sebagai VOC 202012/01 atau 20I/501Y.V1.*Varian B.1.1.7 dianggarkan muncul pada bulan September2020 dan telah dengan cepat menjadi yang dominan dalam edaranVarian SARS-CoV-2 di England (1).B.1.1.7 telahdikesan di lebih 30 negara, termasuk Amerika Syarikat.Sebagaipada 13 Januari 2021, kira-kira 76 kes B.1.1.7 telahtelah dikesan di 12 negeri AS.Pelbagai baris buktimenunjukkan bahawa B.1.1.7 lebih cekap dihantar daripadavarian SARS-CoV-2 lain (13).Trajektori yang dimodelkan bagivarian ini di AS mempamerkan pertumbuhan pesat pada awal 2021,menjadi varian utama pada bulan Mac.BertambahPenularan SARS-CoV-2 mungkin mengancam penjagaan kesihatan yang tegangsumber, memerlukan pelaksanaan yang diperluaskan dan lebih telitistrategi kesihatan awam (4), dan meningkatkan peratusanimuniti penduduk yang diperlukan untuk kawalan wabak.Mengambillangkah untuk mengurangkan penularan sekarang boleh mengurangkan potensikesan B.1.1.7 dan membenarkan masa kritikal untuk meningkatkan vaksinliputan.Secara kolektif, pengawasan genomik dipertingkatkandigabungkan dengan pematuhan berterusan dengan orang awam yang berkesanlangkah kesihatan, termasuk vaksinasi, penjarakan fizikal,penggunaan topeng, kebersihan tangan, dan pengasingan dan kuarantin, akanmenjadi penting untuk mengehadkan penyebaran SARS-CoV-2, virus ituyang menyebabkan penyakit coronavirus 2019 (COVID-19).Strategikujian ke atas orang tanpa gejala tetapi berisiko lebih tinggijangkitan, seperti mereka yang terdedah kepada SARS-CoV-2 atau yang telahhubungan yang kerap tidak dapat dielakkan dengan orang ramai, menyediakan satu lagipeluang untuk mengehadkan penyebaran berterusan.

Pengawasan genomik global dan shar sumber terbuka pantasjujukan genom virus telah memudahkan hampir masa nyatapengesanan, perbandingan dan pengesanan SARS-CoV-2 yang sedang berkembangvarian yang boleh memaklumkan usaha kesihatan awam untuk mengawalpandemik.Manakala beberapa mutasi dalam genom virusmuncul dan kemudian surut, yang lain mungkin memberikan advan terpilihtage kepada varian, termasuk kebolehtransmisian yang dipertingkatkan, supayavarian sedemikian boleh menguasai varian lain yang beredar dengan pantas.

Pada awal pandemik, varian SARS-CoV-2 mengandungimutasi D614G dalam protein spike (S) yang meningkataviditi mengikat reseptor dengan cepat menjadi dominan dalam banyakkawasan geografi (5,6).Pada akhir musim luruh 2020, beberapa negara melaporkan pengesananVarian SARS-CoV-2 yang merebak dengan lebih cekap.Sebagai tambahankepada varian B.1.1.7, varian yang ketara termasuk B.1.351keturunan pertama kali dikesan di Afrika Selatan dan yang baru dikenal pastiB.1.1.28 subklade (dinamakan semulaP.1) dikesan dalam empat pengembaradari Brazil semasa pemeriksaan rutin di Haneda (Tokyo)lapangan terbang.§ Varian ini membawa konstelasi muta genetiktions, termasuk dalam domain pengikat reseptor protein S,yang penting untuk mengikat sel perumah angiotensin-menukar reseptor enzim-2 (ACE-2) untuk memudahkan viruskemasukan.Bukti menunjukkan bahawa mutasi lain terdapat dalam inivarian mungkin memberikan bukan sahaja peningkatan kebolehtransmisian tetapimungkin juga menjejaskan prestasi beberapa masa nyata diagnostiktranskripsi terbaliktindak balas rantai polimerase (RT-PCR)ujiandan mengurangkan kerentanan untuk meneutralkan antibodi(2,3,510).Laporan kes baru-baru ini mendokumenkan kes pertamaJangkitan semula SARS-CoV-2 di Brazil dengan varian SARS-CoV-2yang mengandungi mutasi E484K,** yang telah ditunjukkanuntuk mengurangkan peneutralan oleh sera pemulihan dan monoklonalantibodi (9,10).

Laporan ini memberi tumpuan kepada kemunculan varian B.1.1.7di Amerika Syarikat.Mulai 12 Januari 2021, kedua-duaB.1.351 mahupun varian P.1 telah dikesan dalamAmerika Syarikat.Untuk maklumat tentang SARS-CoV-2 yang baru munculvarian yang membimbangkan, CDC mengekalkan halaman web khusus untukmenyediakan maklumat mengenai varian SARS-CoV-2 yang baru muncul.††

 B.1.1.7 keturunan (20I/501Y.V1)

Varian B.1.1.7 membawa mutasi dalam protein S(N501Y) yang menjejaskan konformasi pengikatan reseptordomain.Varian ini mempunyai 13 mutasi penentu keturunan B.1.1.7 lain (Jadual), beberapa daripadanya berada dalam protein S,termasuk pemadaman pada kedudukan 69 dan 70 (del6970) ituberkembang secara spontan dalam varian SARS-CoV-2 yang lain dan adalahdihipotesiskan untuk meningkatkan kebolehtransmisian (2,7).Pemadaman itupada kedudukan 69 dan 70 menyebabkan kegagalan sasaran gen S (SGTF)dalam sekurang-kurangnya satu RT-PCRujian diagnostik berasaskan (iaitu, denganUjian COVID-19 Laluan ThermoFisher Taq, variasi B.1.1.7semut dan varian lain dengan del6970 menghasilkan negatifkeputusan untuk sasaran gen S dan keputusan positif untuk dua yang lainsasaran);SGTF telah berkhidmat sebagai proksi di United Kingdomuntuk mengenal pasti B.1.1.7 kes (1).Pelbagai baris bukti menunjukkan bahawa B.1.1.7 lebih banyakdihantar dengan cekap berbanding dengan SARS-CoV-2 yang lainvarian yang beredar di United Kingdom.wilayah UK denganbahagian yang lebih tinggi bagi urutan B.1.1.7 mempunyai wabak yang lebih cepatpertumbuhan berbanding kawasan lain, diagnosis dengan SGTF meningkatlebih cepat daripada diagnosis bukan SGTF di kawasan yang sama, dan abahagian yang lebih tinggi daripada kenalan telah dijangkiti oleh pesakit indeksdengan jangkitan B.1.1.7 daripada pesakit indeks yang dijangkitivarian lain (1,3).Varian B.1.1.7 berpotensi untuk meningkatkan kuali AStrajektori demik dalam beberapa bulan akan datang.Untuk menggambarkan kesan ini,model petak dua varian yang ringkas telah dibangunkan.Kelaziman AS semasa B.1.1.7 di kalangan semua yang beredarvirus tidak diketahui tetapi dianggap <0.5% berdasarkanbilangan kes terhad yang dikesan dan data SGTF (8).Untukmodel, andaian awal termasuk kelaziman B.1.1.7sebanyak 0.5% antara semua jangkitan, imuniti SARS-CoV-2 daripadajangkitan sebelumnya sebanyak 10%30%, pembiakan yang berbeza masanombor (R t ) daripada 1.1 (dikurangkan tetapi penghantaran meningkat)atau 0.9 (mengurangkan penularan) untuk varian semasa, dan insiden yang dilaporkan sebanyak 60 kes bagi setiap 100,000 orang sehari pada1 Januari 2021. Andaian ini tidak mewakili dengan tepatmana-mana lokasi AS, sebaliknya, menunjukkan generalisasikeadaan biasa di seluruh negara.Perubahan dalam R t berakhirmasa yang terhasil daripada imuniti yang diperolehi dan peningkatan prevalence B.1.1.7, telah dimodelkan, dengan B.1.1.7 R t diandaikanmenjadi pemalar 1.5 kali ganda R t varian semasa, berdasarkananggaran awal dari United Kingdom (1,3).Seterusnya, kesan potensi vaksinasi telah dimodelkandengan mengandaikan bahawa 1 juta dos vaksin telah diberikan setiaphari bermula 1 Januari 2021, dan imuniti 95%.dicapai 14 hari selepas menerima 2 dos.Secara khusus,imuniti terhadap jangkitan dengan sama ada varian semasa atauB.1.1.7 varian telah diandaikan, walaupun keberkesanan dantempoh perlindungan terhadap jangkitan masih tidak pasti,kerana ini bukanlah titik akhir utama ujian klinikaluntuk vaksin awal.Dalam model ini, prevalens B.1.1.7 pada mulanya adalah rendah, namun keranaia lebih mudah ditularkan daripada varian semasa, ia mempamerkanpertumbuhan pesat pada awal tahun 2021, menjadi varieti utamasemut pada bulan Mac (Rajah 1).Sama ada penghantaran arusvarian semakin meningkat (R t = 1.1) atau perlahan-lahan berkurangan(R t = 0.9) pada bulan Januari, B.1.1.7 memacu perubahan yang ketaradalam trajektori penghantaran dan fasa baharu eksponenpertumbuhan.Dengan vaksinasi yang melindungi daripada jangkitan,trajektori wabak awal tidak berubah dan B.1.1.7 merebakmasih berlaku (Rajah 2).Walau bagaimanapun, selepas B.1.1.7 menjadivarian dominan, penghantarannya telah dikurangkan dengan ketara.Kesan vaksinasi terhadap mengurangkan penularan dalam masa terdekatistilah adalah yang terbaik dalam senario di mana penghantaransudah berkurangan (R t = 0.9 awal) (Rajah 2).Usaha awal ituboleh mengehadkan penyebaran varian B.1.1.7, seperti universal danpeningkatan pematuhan dengan strategi mitigasi kesihatan awam,akan membolehkan lebih banyak masa untuk vaksinasi berterusan mencapai tahap yang lebih tinggiimuniti peringkat populasi.

Perbincangan

Pada masa ini, tiada perbezaan yang diketahui dalam hasil klinikaldikaitkan dengan varian SARS-CoV-2 yang diterangkan;walau bagaimanapun,kadar penularan yang lebih tinggi akan membawa kepada lebih banyak kes, meningkatbilangan orang secara keseluruhan yang memerlukan penjagaan klinikal, exacermenanggung beban pada sistem penjagaan kesihatan yang sudah tegang,dan mengakibatkan lebih banyak kematian.Pengawasan genomik berterusanuntuk mengenal pasti B.1.1.7 kes, serta kemunculan kes lainvarian kebimbangan di Amerika Syarikat, adalah penting untukRespons kesihatan awam COVID-19.Manakala keputusan SGTFboleh membantu mengenal pasti potensi B.1.1.7 kes yang boleh disahkandengan penjujukan, mengenal pasti varian keutamaan yang tidak dipamerkanSGTF bergantung secara eksklusif pada pengawasan berasaskan jujukan.

 

 

 

Penamaan varian

Pengenalan pertama  

Mutasi ciri

(protein: mutasi)

Bilangan kes yang disahkan urutan semasa No. daripada

negara dengan

urutan

Lokasi Tarikh Amerika Syarikat Seluruh dunia  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) United Kingdom Sep 2020 ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del36753677 SGF

S: del6970 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15,369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) Afrika Selatan Okt 2020 ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S:K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Brazil dan Jepun Jan 2021 ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del36753677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Singkatan: del = penghapusan;E = protein sampul surat;N = protein nukleokapsid;ORF = bingkai bacaan terbuka;S = protein spike.

Pengalaman di United Kingdom dan model B.1.1.7yang dibentangkan dalam laporan ini menggambarkan kesan yang lebih menularvarian boleh mempunyai pada bilangan kes dalam populasi.Thepeningkatan kebolehtransmisian varian ini memerlukan lebih banyak lagipelaksanaan gabungan vaksinasi dan mitiga yang ketatlangkah-langkah (cth, menjauhkan, bertopeng, dan kebersihan tangan)untuk mengawal penyebaran SARS-CoV-2.Langkah-langkah ini akanlebih berkesan jika ia dimulakan lebih awal daripada kemudianuntuk memperlahankan penyebaran awal varian B.1.1.7.Usaha untukmenyediakan sistem penjagaan kesihatan untuk lonjakan selanjutnya dalam kes adalahdijamin.Peningkatan kebolehtransmisian juga bermakna lebih tinggidaripada jangkaan perlindungan vaksinasi mesti dicapaimencapai tahap kawalan penyakit yang sama untuk melindungi orang ramaiberbanding dengan varian yang kurang boleh ditularkan.Dengan kerjasama akademik, industri, negeri, wilayah,puak, dan rakan kongsi tempatan, CDC dan agensi persekutuan lainsedang menyelaras dan meningkatkan pengawasan genomik danusaha pencirian virus di seluruh Amerika Syarikat.CDCmenyelaras usaha penjujukan AS melalui SARS-CoV-2Urutan untuk Tindak Balas Kecemasan Kesihatan Awam,Epidemiologi, dan Pengawasan (SPHERES)§§konsortium,yang merangkumi kira-kira 170 institusi yang mengambil bahagian dan menggalakkan perkongsian data terbuka untuk memudahkan penggunaan SARS-CoV-2data urutan.Untuk menjejaki evolusi virus SARS-CoV-2, CDC adalahmelaksanakan pengawasan genomik pelbagai rupa untuk memahamiproses epidemiologi, imunologi, dan evolusiyang membentuk filogeni virus (filodinamik);panduan wabakpenyiasatan;dan memudahkan pengesanan dan penciriankemungkinan jangkitan semula, kes terobosan vaksin, danvarian virus yang muncul.Pada November 2020, CDC ditubuhkanprogram Pengawasan Terikan SARS-CoV-2 Kebangsaan (NS3).untuk meningkatkan keterwakilan SARS-CoV-2 domestikurutan.Program ini bekerjasama dengan 64 orang awam ASmakmal kesihatan untuk menyokong sistem pengawasan genomik;NS3 juga sedang membina koleksi spesimen SARS-CoV-2 and turutan untuk menyokong tindak balas kesihatan awam dan saintifikpenyelidikan untuk menilai kesan mengenai mutasi terhadaptindakan balas perubatan yang disyorkan sedia ada.CDC mempunyaijuga dikontrak dengan beberapa makmal klinikal komersial yang besaruntuk mengurutkan puluhan ribu SARS-CoV-2 dengan pantasspesimen positif setiap bulan dan telah membiayai tujuh akademikinstitusi untuk menjalankan pengawasan genomik secara perkongsiandengan agensi kesihatan awam, dengan itu menambah dengan ketara kepadaketersediaan data pengawasan genom tepat pada masanya dari seluruhAmerika Syarikat.Sebagai tambahan kepada inisiatif nasional ini,banyak agensi kesihatan awam negeri dan tempatan membuat urutan

RAJAH 1. Trajektori kejadian kes simulasi* bagi varian SARS-CoV-2 semasa dan varian B.1.1.7,dengan mengandaikan tiada vaksinasi komunitidan sama ada R t awal = 1.1 (A) atau R t awal = 0.9 (B) untuk varian semasaAmerika Syarikat, JanuariApril 2021

 

Rajah 1
rajah 2
singkatan
Rajah 1

SARS-CoV-2 untuk lebih memahami epidemiologi tempatan danmenyokong tindak balas kesihatan awam terhadap wabak itu.Penemuan dalam laporan ini tertakluk kepada sekurang-kurangnya tiga hadtations.Pertama, magnitud peningkatan transmissibility di Amerika Syarikat berbanding dengan yang diperhatikan dalamUnited Kingdom masih tidak jelas.Kedua, kelazimanB.1.1.7 di Amerika Syarikat juga tidak diketahui pada masa ini, tetapipengesanan varian dan anggaran kelaziman akan bertambah baikdengan usaha pengawasan AS yang dipertingkatkan.Akhirnya, mitiga tempatanlangkah-langkah juga sangat berubah-ubah, yang membawa kepada variasi dalamR t .Hasil khusus yang dibentangkan di sini adalah berdasarkan simulasidan menganggap tiada perubahan dalam pengurangan selepas 1 Januari.Peningkatan kebolehtransmisian perang varian B.1.1.7rants pelaksanaan ketat strategi kesihatan awam untukmengurangkan penghantaran dan mengurangkan potensi kesan B.1.1.7,membeli masa kritikal untuk meningkatkan perlindungan vaksinasi.CDCdata pemodelan menunjukkan bahawa penggunaan universal dan peningkatan kompliance dengan langkah-langkah mitigasi dan vaksinasi adalah penting untukmengurangkan bilangan kes baru dan kematian dengan ketara dibulan akan datang.Selanjutnya, ujian strategik orang yang tidaksimptom COVID-19, tetapi yang berisiko tinggi untukjangkitan dengan SARS-CoV-2, memberikan satu lagi peluang untukhadkan penyebaran berterusan.Secara kolektif, pengawasan genomik dipertingkatkanlance digabungkan dengan peningkatan pematuhan terhadap kesihatan awamstrategi mitigasi, termasuk vaksinasi, jarak fizikalpenggunaan topeng, kebersihan tangan, pengasingan dan kuarantin,akan menjadi penting untuk mengehadkan penyebaran SARS-CoV-2 danmelindungi kesihatan awam.

Ucapan terima kasih

Ahli Penjujukan untuk Kecemasan Kesihatan AwamKonsortium Respons, Epidemiologi dan Pengawasan;negeri dan tempatanmakmal kesihatan awam;Persatuan Makmal Kesihatan Awam;Pasukan Tindak Balas COVID-19 CDC;Cawangan Virus Pernafasan,Bahagian Penyakit Viral, CDC.Borang Jawatankuasa Editor Jurnal Perubatan untuk pendedahan potensikonflik kepentingan.Tiada potensi konflik kepentingan didedahkan.

Rujukan

1. Kesihatan Awam England.Penyiasatan novel varian SARS-CoV-2: varian kebimbangan 202012/01, taklimat teknikal 3. London, United Kingdom: Public Health England;2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP, et al.Kemunculan berulang dan penghantaran pemadaman lonjakan SARS-CoV-2 ΔH69/V70.bioRxiv[Pracetak disiarkan dalam talian 14 Januari 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volz E, Mishra S, Chand M, et al.Penghantaran garis keturunan SARS-CoV-2 B.1.1.7 di England: cerapan daripada menghubungkan data epidemiologi dan genetik.medRxiv [Pracetakan disiarkan dalam talian 4 Januari 2021].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA, et al.;Pasukan Tindak Balas COVID-19 CDC.Ringkasan panduan untuk strategi kesihatan awam untuk menangani penularan SARS-CoV-2 tahap tinggi dalam komuniti dan kematian yang berkaitan, Disember 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1860–7.PMID:33301434 https://doi.org/10.15585/mmwr.mm694/mmwr.mm694
5. Volz E, Hill V, McCrone JT, et al.;Konsortium COG-UK.Menilai kesan mutasi pancang SARS-CoV-2 D614G pada kebolehtransmisian dan patogenik.Sel 2021;184:64–75.e11.PMID:33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, et al.;Kumpulan Genomics COVID-19 Sheffield.Menjejaki perubahan dalam lonjakan SARS-CoV-2: bukti bahawa D614G meningkatkan kebolehjangkitan virus COVID-19.sel
2020;182:812–27.PMID:32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR, Rennick LJ, Namnulli S, et al.Pemadaman semula jadi dalam pelarian antibodi pemacu glikoprotein pancang SARS-CoV-2.bioRxiv [Pracetakan disiarkan dalam talian 19 November 2020].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Washington NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu JT.S corak keciciran gen dalam ujian SARS-CoV-2 mencadangkan penyebaran mutasi H69del/V70del di AS.medRxiv [Pracetakan disiarkan dalam talian 30 Disember 2020].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F, et al.Melarikan diri daripada meneutralkan antibodi oleh varian protein spike SARS-CoV-2.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, et al.Pemetaan mutasi yang menyeluruh kepada domain pengikat reseptor SARS-CoV-2 yang menjejaskan pengecaman oleh antibodi serum manusia poliklonal.bioRxiv [Pracetak disiarkan dalam talian 4 Januari 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


Masa siaran: Feb-11-2021